Вы задаете несколько разных вопросов здесь.
Как правило, GAC всегда переопределяет папку bin для данной версии сборки. Однако, если сборочная корзина имеет другую версию, и ваш файл конфигурации указывает на эту версию, он будет использовать ее вместо GAC.
С VS Express, у которого нет NuGet VSIX, использовать NuGet определенно немного сложнее. Вам необходимо получить инструмент командной строки NuGet и запустить команду установки для загрузки пакетов, которые затем можно будет вручную ссылать в своих проектах.