Насколько я знаю, когда вы открываете новое окно в IE (либо используя Javascript, либо выбирая «Файл> Новое окно»), оно должно , а не начинать новый процесс. Новый процесс запускается только тогда, когда вы фактически запускаете исполняемый файл снова (например, из проводника Windows).
Поскольку MSIE так тесно связана с Проводником Windows, мне интересно, связано ли оно каким-либо образом с одним из параметров Проводника Windows. Попробуйте перейти в любое окно обозревателя, выберите «Инструменты»> «Параметры», перейдите на вкладку «Вид» и убедитесь, что флажок «Запускать окна папок в отдельном процессе» не установлен. Возможно, это так.
Еще одна возможность в MSIE, Сервис> Параметры, выберите вкладку «Дополнительно», проверьте «Повторно использовать Windows для запуска ярлыков», хотя я сомневаюсь, что это так.