По моему опыту, каталог / mingw можно безопасно удалить. Он необходим только для странной системы сборки GCC (а в некоторых случаях даже может быть пустым).
В каталоге x86_64-w64-mingw32 / bin содержатся исполняемые файлы, вызываемые gcc / g ++ / gfortran / etc. внутренне. Не удаляйте их.
Кажется, что нет "стандартной" структуры каталогов, иногда каталоги x86_64-w64-mingw32 / lib (32) и x86_64-w64-mingw32 / include содержат одни и те же файлы. Иногда одни и те же файлы находятся даже в корневых каталогах include и lib (32). Если вам нужен ответ эксперта, не стесняйтесь писать в список рассылки minwgw-64 , там живет много знающих людей.