Если у вас есть старый и новый файл jar, вы можете создать оба файла xdelta и отправить только дельта-файл вашему клиенту, который должен быть намного меньше, чем весь файл jar, если вы изменилитолько один класс из многих.Это должно работать и для подписанных jar-файлов, но требует, чтобы и отправитель, и получатель имели программу xdelta (или могли ее установить).
И, конечно, сначала нужно создать новый jar (но этоможет быть сделано способами, уже упомянутыми в других ответах).