Если у вас есть только логин и пароль, вы можете использовать их, используя обычную аутентификацию. Прежде всего, проверьте, показывает ли этот код JSON данные желаемого репо. Имя пользователя и пароль должны быть разделены двоеточием.
curl -u "user:pwd" https://api.github.com/repos/user/repo
В случае успеха вам следует рассмотреть возможность выполнения этого запроса из кода.
import urllib2
import json
from StringIO import StringIO
import base64
username = "user@example.com"
password = "naked_password"
req = urllib2.Request("https://api.github.com/repos/user/repo")
req.add_header("Authorization", "Basic " + base64.urlsafe_b64encode("%s:%s" % (username, password)))
req.add_header("Content-Type", "application/json")
req.add_header("Accept", "application/json")
res = urllib2.urlopen(req)
data = res.read()
repository = json.load(StringIO(data))