TL; DR: Нет, не будет.
Есть два основных пути, в зависимости от того, как выглядит ваш XHTML в настоящее время и как вы его обслуживаете. Если вы действительно используете его как XHTML (application/xhtml+xml) и чувствуете настоятельную необходимость продолжать использовать формат на основе XML (возможно, вы генерируете контент с помощью какого-либо инструмента XML), вам следует использовать сериализацию XML для HTML5 и, следовательно, вообще никакого Doctype (но имейте в виду, что для этого требуется, чтобы действительный XHTML и служили таковым).
Если у вас нет для использования и формата на основе XML (чего, вероятно, нет, если вы не используете инструмент XML для его генерации), вам следует использовать обычный HTML5 который может разрешить самозакрывающийся элемент при определенных обстоятельствах , что означает, что теговый суп не должен вызывать никаких проблем.
Теперь, в случае IE6, который не может правильно проанализировать HTML5 или XHTML, никакой разницы не будет. Он по-прежнему будет думать, что ваш документ HTML 4.01 (так же, как и при отправке документа XHTML как text/html), и анализирует его точно так же, как и сейчас, при условии, что текущий режим стандартов запускает тип документа.