Вы сказали, что вызов [[NSBundle mainBundle] bundleIdentifier] всегда возвращает com.apple.springboard и только это. Это означает, что ваш код работает только внутри SpringBoard.
Настройки MobileSubstrate внедряются только в некоторые, а не во все процессы. Вы управляете этим через его фильтр (загруженный из файла .plist).
Если вы хотите, чтобы ваш код внедрялся во все экземпляры класса, измените фильтр на «com.apple.UIKit», а не на «com.apple.springboard». Все приложения теперь будут вашим кодом.