Звучит довольно плохо и странно. Но переустановка не так сложна - загрузите, распакуйте, измените распределение памяти по умолчанию, запустите Eclipse, установите необходимые плагины и функции.
И почти все важные настройки находятся в вашем рабочем пространстве. Единственное важное, что я могу придумать за пределами рабочей области, - это вышеупомянутое распределение памяти, которое вы можете установить в командной строке или в файле ECLIPSE.INI.