Если Jetty встроен, то приложение запускает сам сервер, поэтому вам не нужно устанавливать его на сервер. Вы запускаете Jetty, запуская приложение, это может варьироваться от приложения к приложению. Вам, безусловно, следует установить приложение как службу на сервере, чтобы оно автоматически запускалось при перезагрузке сервера.
Например, Jenkins , который использует встроенный сервер, но также может быть развернут в контейнере сервлета. Nexus использует ту же стратегию.