Возможно, вам следует предоставить больше информации о вашей рабочей среде. Использование CDI меняет весь спектр. Вы можете внедрить его, когда используете CDI, иначе вы можете внедрить его только в другие EJB и сервлеты (если ваш сервер приложений поддерживает это).
В противном случае вы можете выполнить поиск, используя
Context ctx = new InitialContext();
MyEjb ejb = (MyEjb) ctx.lookup("java:comp/env/myEjb");
Вы можете указать имя в аннотации @EJB, которое вы указали вместе с аннотацией @ Stateless / @ Stateful.
@Stateless
@EJB(name="myEjb", beanInterface=MyEjb.class)
public class myEjbImpl implements MyEjb{
// code goes here
}