VS может и отредактирует ваш веб / конфиг приложения по разным причинам. Кроме того, существуют определенные ситуации, когда инструменты VS предоставляют вам графический интерфейс для разделов файла (что, я догадываюсь, то, что вам нужно). Но по большей части «правильный путь», как вы говорите, - это редактировать его вручную.
Вполне возможно, что если ваш проект достаточно большой, у вас возникнут проблемы с настройкой конфигурации и развертывание на нескольких серверах, что будет означать создание сценариев для создания разделов ваших файлов конфигурации.
И последнее, что стоит сказать, это то, что вы не должны искать благословенного подхода к чему-либо от РС, вы должны принять свои потребности и предложить наиболее прагматичный подход со всеми имеющимися фактами.