Если ваша цель - сохранить одну или другую версию, тогда да, вы захотите использовать:
git checkout <--theirs|--ours> <path>
git add <path>
Конечно, как вы говорите, это не идеально. Если есть какой-то способ избежать этого, вы должны. Если вы можете, попробуйте принять привычки рабочего процесса, чтобы избежать изменения этих файлов в расходящихся ветвях, которые впоследствии необходимо будет объединить. Если файлы создаются из отслеживаемого содержимого, вы, вероятно, действительно хотите игнорировать их - если у вас есть для этого веские основания, вы можете вместо этого сгенерировать их из объединяемого отслеживаемого содержимого, если это возможно.
Итак, изучите все другие варианты, прежде чем делать это, но если вам нужно, вы все правильно поняли.