Я покопался в исходном коде для drupal и нашел это:
// A dummy query-string is added to filenames, to gain control over
// browser-caching. The string changes on every update or full cache
// flush, forcing browsers to load a new copy of the files, as the
// URL changed.
$query_string = '?'. substr(variable_get('css_js_query_string', '0'), 0, 1);
Полагаю, это отвечает. Я собираюсь предположить, так как ребята из drupal делают это, браузеры отлично справляются со строками запросов в тегах css link, хотя мой дизайнер был параноиком по этому поводу.
Надеюсь, это поможет кому-нибудь одному Google в день = p