Вам необходимо создать 2 функции в проекте installshield, с 1 модулем слияния в каждой функции.Затем убедитесь, что диалоговое окно «Пользовательское назначение» находится в вашей последовательности, чтобы пользователь мог выбрать путь установки для каждой функции.