Я написал поддержку github с той же проблемой, и вот их ответ:
From: Rick (GitHub Staff)
Subject: Creating an initial commit using the v3 API
Currently, you can't add the initial commit through the API. Thanks for the
feedback. I've added your suggestion to the Feature Request List™ for the team
to see.
В качестве обходного пути, в зависимости от вашего варианта использования, вы можете создавать вилки вместо новых репозиториев.