Я также использовал MacGDBp и разочаровался в упомянутых вами ограничениях. Хотя это, скажем, не нативное приложение, NetBeans 6.5 и выше бесплатен и включает в себя приличный отладчик PHP, который работает с XDebug.
http://netbeans.org/kb/docs/php/debugging.html
Это не без его собственного набора проблем, но он кажется более надежным, чем MacGDBp.
Если вы не против оплаты, в Komodo IDE (My IDE по выбору) также есть PHP-отладчик.
http://www.activestate.com/komodo-ide?src=AScom&type=bn&X=HP&campaign=KMD
Кроме того, хотя и немного не по теме, может оказаться полезным простое расширение Xdebug FireFox:
https://addons.mozilla.org/en-US/firefox/addon/58688/
Наконец, на сайте XDebug есть список дополнительных клиентов, плагинов для браузера и инструкции по их использованию:
http://www.xdebug.org/docs/remote#browser_session