После некоторых попыток я наконец-то нашел способ обойти jre в своем приложении:
Я упаковал свое приложение в виде zip-файла со следующими папками внутри:
containerFolder
|- jre
|-bin (in bin there is java.exe)
|-lib
|- cfg (to save the user configuration, but it's not needed)
|- bin (my application with the .exe and the .jar and all the other stuff)
ВXML-файл launch4j Я настраиваю JRE следующим образом:
<jre>
<path>../jre</path>
<opt>-DgvSIG.confDir=../cfg</opt>
</jre>
Хитрость здесь заключается в том, что путь не к файлу java.exe.Путь к jre зависит от положения .exe, и он должен указывать на одну папку перед файлом java.exe
Используемая мной папка jre - это просто копирование и вставка из папки jre, установленной насистема Windows.