Для этого есть два пути:
1) Создайте свое собственное устройство-концентратор USB, которое представляет собой отдельный диск и создает собственные внутренние папки на основе подключенных устройств.
2) Напишите какой-нибудь серьезный код драйвера для ниндзя, объединяющий несколько USB-устройств для чтения карт памяти в один накопитель. Это будет зависеть от платформы (Windows v. Mac) и потребует не менее 6 месяцев работы, отдачи или взятия.
Честно говоря, я бы пошел с первым, если это большая необходимость. Хотелось бы взять нестандартное железо ...