Вот как я это сделаю в Ubuntu.
Сначала создайте скрипт bash для запуска java-приложения, аналогично.
#!/bin/bash
java -jar "helloworld.jar"
и сохраните его, в этом случае он называется 'HELLOWORLD' в /etc/init.d.
Нужно сделать исполняемый скрипт, поэтому нужно запустить
chmod +x HELLOWORLD
Наконец, чтобы запустить его при запуске
update-rc.d HELLOWORLD defaults