Для всего, что вызывает Display.beep() напрямую, ответ - нет.
Я просматривал код, который вызывает beep(), и, похоже, там тоже нет ничего условного.
Таким образом, у вас есть шанс только в том случае, если в вашей операционной системе есть какой-то способ отключить звуковые сигналы от определенного приложения ...