Вы не можете «делиться» переменной между JS и CGI, потому что это две разные среды. JS работает на клиенте, CGI на сервере.
Для передачи любой информации, в том числе состояния элемента «включено / отключено», вы можете использовать JavaScript для добавления <input type="hidden">
к форме, чтобы скрипт CGI мог выводить отключенный элемент в следующий раз, когда он генерирует форма.
Перечитывая ваш вопрос, похоже, что вы пытаетесь получить значение раскрывающегося списка, который не был передан, поскольку элемент отключен? В этом случае вы можете использовать ту же технику, прочитать значение раскрывающегося списка с помощью JavaScript и поместить это значение в другой скрытый элемент формы.