Нет, вы не можете этого сделать, вам придется создавать документацию для каждой конфигурации отдельно. Однако если в Windows и Linux определены одинаковые интерфейсы, в любом случае документация будет одинаковой для обеих функций?
По умолчанию, если Doxygen находит документацию для объявления в заголовке и документацию для соответствующих определений в исходных файлах, будет использоваться документация в заголовке. В этом случае вы можете использовать это в своих интересах, только размещая разметку Doxygen в заголовочных файлах. Обычно интерфейсы будут идентичными кроссплатформенными, и у вас будет один заголовок, но несколько реализаций для каждой платформы, либо в отдельных источниках, либо с использованием условной компиляции.