Вы можете легко установить разные JDK: просто укажите разные папки.
Вы можете настроить установленные JDK в Eclipse Окно / Настройки / Установленные JRE
Вы можете выбрать версию JDK и Java для каждого отдельного проекта в Проект / Свойства / Компилятор Java