Плюсы:
Структура Вы получаете лучший обзор вашего кода. Код будет более чистым.
Повторное использование кода Вы можете повторно использовать свой код. Вместо этого поместите соединение с базой данных в каждый отдельный файл, и вы можете иметь один файл с подключением к базе данных, которое вы включаете.
Минусы:
Существует не так много минусов, которые вы действительно должны рассмотреть. Возможно, немного сложнее в отслеживании ошибок, но определенно не о чем беспокоиться. По моему мнению, Вы должны определенно разделить свой код в разных файлах.
Об исполнении:
У вас не будет недостатка в производительности или скорости, которые заметны. Все используют, включают в том или ином способе. СУХОЙ (не повторяй себя, сыграй здесь роль).