Concrete5 обычно ничего не делает для вашей разметки, скорее всего, это происходит из-за разметки из блока, который вы добавили на страницу (конечно, некоторые из блоков могут быть по умолчанию, которые были предварительно установлены с система, которая, я полагаю, является чем-то вроде произвольного различия).
Как упоминает frz, если вы можете сказать, из какого блока (-ов) исходит оскорбительная разметка, то можно дать конкретный совет о том, как ее решить (и вы обязательно получите больше ответов на конкретных форумах об этом, чем здесь) на SO).
Все это, как говорится, одной из замечательных особенностей Concrete5 - это возможность настраивать шаблоны каждого отдельного блока, поэтому весьма вероятно, что с ними можно будет справиться, не взламывая основную систему или что-либо подобное. Также я знаю, что они работают над очисткой разметки для предварительно установленных блоков для следующей версии, которая будет выпущена через месяц или два.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Для будущих читателей этого вопроса, проблема оказалась в том, что <? Php Loader :: element ('header_required'); ?> строка была помещена ПОСЛЕ закрывающего тега в шаблоне темы ОП (эта строка кода отвечает за вывод всех системных файлов css и js, поэтому ее необходимо поместить в раздел вашей темы).