Если я правильно понял вашу проблему, вы можете создать несколько пакетов. Здесь я использую YUI Compressor.Net, но это может быть стандартный пакет из пространства имен System.Web.Optimization.
var cssBundleConfig = new CssCompressorConfig();
var cssTransform = new YuiCompressorTransform(cssBundleConfig);
bundles.Add(new Bundle("~/Content/basecss", cssTransform).Include(
"~/Content/Css/Style.css",
"~/Content/Css/IFrame.css",
"~/Content/Css/Grid.css"
));
bundles.Add(new Bundle("~/Content/contactcss", cssTransform).Include("~/Content/Css/Contact.css"));
И вызов визуализации в пользовательском интерфейсе, например:
@Styles.Render("~/Content/basecss")
@Styles.Render("~/Content/contactcss")
Но это процесс выполнения, а не фаза сборки. Может быть, есть решение similair для сборки.