Мобильная поддержка доступна только в Flash Builder 4.5 и более поздних версиях. Вы можете использовать бесплатные инструменты командной строки для создания мобильных приложений; но я настоятельно рекомендую вам обновить ваши инструменты, потому что это избавит вас от многих головных болей.
Хотя это возможно, я не уверен, что рекомендовал бы попробовать опубликовать приложение на основе Flex 3 для iOS или любой мобильной платформы. Переписывание приложения для использования компонентов Spark даст гораздо более оптимизированную производительность.