Безусловно, если у вас есть символы pdb, все для вас сделано - посмотрите, например, на MFC, вы получите двоичные файлы, но сможете отлаживать их через источник.
Если у вас нет символов, то это намного сложнее, когда вы отлаживаете код, он может попросить вас показать ему строки исходного текста, и вам просто нужно найти их для него (обычно путь такой же, так что его легко).