У меня были проблемы с использованием InnoDB MySQL 5.0 на OS X из-за проблемы с настройками my.cnf. Перечислим ошибки, если это кому-нибудь поможет:
Если InnoDB отключен, проверьте журнал ошибок (hostname.err, в каталоге данных). У меня была пустая настройка, которую я изменил:
innodb_data_file_path = ibdata1:10M:autoextend
Надеюсь, это кому-нибудь поможет. Я запускал приложение rails и получал ошибки с таблицей сессий.