Почему имеет значение, сколько файлов, если код полностью сгенерирован? Какая практическая разница есть?
Вы можете изменить шаблоны для вывода нескольких файлов. Никаких изменений не потребуется для SubSonic dll, только шаблоны T4.
Тем не менее, я не понимаю, как стоит даже хотя бы время, чтобы опубликовать вопрос здесь, тем более время, необходимое для внесения этих изменений.