При создании хранилища на нашем центральном сервере, мне нужно создать структуру папок trunk/branches/tags или Mercurial позаботится обо всем этом?
trunk/branches/tags
Нет, не делай этого.
Они вам не нужны в Mercurial.
Редактировать: в Mercurial теги и ветки являются первоклассными гражданами. К ним относятся по-разному, тогда как в Subversion они почти одинаковы.
Возможно, вы захотите прочитать о ветвях и именованных ветвях , а также этом обсуждении здесь, на SO.