Да, это возможно. Вы должны убедиться, что все пиксели в регионе прозрачны. Обратите внимание, что это довольно медленная операция.
Вот метод, который должен делать то, что вы хотите:
bool IsRegionTransparent(Texture2D texture, Rectangle r)
{
int size = r.Width * r.Height;
Color[] buffer = new Color[size];
texture.GetData(0, r, buffer, 0, size);
return buffer.All(c => c == Color.Transparent);
}
Обратите внимание, что я не скомпилировал, не протестировал и не оптимизировал вышесказанное. Кроме того, он предназначен для предварительно умноженных текстур (по умолчанию в XNA 4.0).