В основном вам нужно использовать метод setTimeout () при загрузке страницы, используя атрибут тела onLoad, документ jquery document.ready или любой другой метод, который вам нравится. Например, используя facebox в качестве всплывающего плагина и jQuery document.ready, будет:
$(document).ready(function(){
timeOut();
});
function timeOut() {
var t = setTimeout("showPopup();", 3000);
}
function showPopup() {
jQuery.facebox('whatever you want to ask');
}