Абсолютно возможно иметь перекрывающиеся панели.
Проблема, с которой вы сталкиваетесь, заключается в том, что редактор графического интерфейса обрабатывает вашу панель как контейнеры (это верно), и, пока вы помещаете что-то (включая другую панель) в панель, она «вкладывается» в этот контейнер.
Чтобы избежать такого поведения, сначала поместите одну панель и расположите / отрегулируйте ее соответствующим образом. Затем щелкните правой кнопкой мыши и выберите «Блокировать элементы управления». Это заблокирует все текущие элементы управления формы, и вы сможете размещать новые элементы управления, включая панели, непосредственно над ними, не опасаясь, что что-то будет вложено или каким-либо образом помещено в существующий контейнер.
И, конечно, ваши элементы управления могут перекрываться - учитывайте только порядок или создание элемента управления, который также будет определять их z-порядок в форме - элементы управления добавляются позже и отрисовываются позже и, таким образом, располагаются поверх добавленных элементов. ранее.
РЕДАКТИРОВАТЬ: К сожалению, я не совсем правильно с моим ответом. Блокировка панелей не мешает им полностью поглотить места управления. Но в случае частичного перекрытия оба контейнера создаются на одном уровне глубины, поэтому в случае перекрывающихся панелей такой проблемы не существует, как это было задано в вопросе.