Это LIMIT offset, rowcount
. Ваш первый запрос выбирает 50 000 строк, начиная со строки 0. Второй запрос выбирает 50 000 строк, начиная со строки 2. Другими словами, вы выбираете 49 999 одинаковых строк, а затем одну другую.
Если вы хотите разделить 116 000 строк на 3 равные части, вам нужно будет сделать
SELECT ... LIMIT 0, 38666
SELECT ... LIMIT 38667, 38666
SELECT ... LIMIT 77333, 38668