Проблема в том, что прозрачность применяется ко всем содержащимся (дочерним) элементам, а не только к элементу, который вы применяете
opacity
в. Побочным эффектом этого является то, что дальнейшая настройка непрозрачности будет той частью родительской непрозрачности.
В вашем случае вам не нужно ничего делать, кроме как переместить всплывающий элемент div за пределы блока fadeMe
<div id="fadeMe"></div>
<div id="center">You have javascript disabled.</div>