Вместо того чтобы найти способ помешать разработчику Visual Studio сделать это. Вы не должны помещать свой ресурс, не связанный с GUI, в эти файлы. Просто потому, что VS поддерживает эти файлы.
Для настроенного ресурса, значка, изображений, файлов, строк вы можете добавить файл ресурса в свой проект, и каждый раз, когда вы изменяете настроенный файл ресурса, будет создан класс-оболочка.
Вы можете выбрать этот тип файла в диалоговом окне Добавить файл (CTRL + SHIFT + A), его категория - «Общие». Сопутствующий файл * .Designer.cs будет сгенерирован (и добавлен на ваш сервер исходного кода, если вы настроили VS таким образом) и будет связан с файлом * .resx.