Поскольку плагины обычно находятся в отдельных сборках, я бы создал отдельный проект для каждого плагина.
Для проектов вы можете указать, следует ли встраивать конфигурацию или нет: в Visual Studio откройте Configuration Manager (меню сборки). В верхнем левом поле со списком выберите конфигурацию Release или Debug и установите флажки build в списке ad libitum.
Редактировать: В противном случае вам нужно отредактировать файл .csproj
вручную и добавить атрибут условия к элементу, который вы хотите исключить:
<Compile Condition="'$(Configuration)' == 'Debug'" Include="Program.cs" />