Я надеюсь, что вы ищете это, это будет делать то, что вы хотите сделать в приведенном выше коде
String strDoxyfilePath = "any path";
String[] Command ={"doxygen",strDoxyfilePath};
try {
Process process = new ProcessBuilder(Command).start();
} catch (IOException e) {
e.printStackTrace();
}