У меня была точно такая же проблема. Причина в том, что когда вы удаляете через eclipse, он не удаляет файлы jar из папки плагина, шаги, которые я сделал.
Перейдите в папку eclipse / plugins для
избегая любого потенциального ущерба (просто удаляя неправильные банки и получая ошибки в других приложениях), перечисляйте банки из подклипа.
$ cd eclipse/plugins
$ ls |grep org.tigris.subversion
и затем, если он перечисляет следующее
$ ls |grep org.tigris.subversion
org.tigris.subversion.clientadapter_1.6.12.jar org.tigris.subversion.subclipse.doc_1.3.0.jar org.tigris.subversion.subclipse.tools.usage_1.0.1.jar
org.tigris.subversion.clientadapter.javahl_1.6.15.jar org.tigris.subversion.subclipse.graph_1.0.9.jar org.tigris.subversion.subclipse.ui_1.6.17.jar
org.tigris.subversion.subclipse.core_1.6.17.jar org.tigris.subversion.subclipse.mylyn_3.0.0.jar
Удалите их, отправив команду xargs rm на команду
$ ls |grep org.tigris.subversion|xargs rm
Перезапустите затмение, и вы увидите только правильную версию SVN.
PS: отображаемые вами метаданные поступают из рабочей области, они влияют только на проекты, полученные из svn, в затмении они не изменятся.