Я всегда думал, что вы пишете все гемы, от которых зависит ваше приложение, а затем, если вы хотите портировать ваше приложение куда-то еще, вы можете запустить установку пакета, и он заберет нужные вам гемы, чтобы выне нужно делать это вручную.
Это может прояснить ситуацию, я цитирую:
'Он содержит информацию обо всех зависимостях проекта, так что вам не нужно будет пытаться выяснить, какие драгоценные камни вам нужно установить.'
http://blog.despo.me/42762318