Пространства имен и проекты не связаны с компилятором. То, что имена сборок соответствуют пространствам имен, является чисто соглашением и нередко не соблюдается.
В .net один исполняемый файл - это одна сборка и обычно один проект. Поэтому, если вы хотите, чтобы dll создавал для них проект «Библиотека классов» и помещал в них соответствующий исходный код.