Java EE представляет собой серию спецификаций.Вы можете увидеть список спецификаций в Java EE 6 здесь .
Все спецификации, в соответствии с JCP , должны иметь эталонную реализацию.Эталонная реализация для Java EE: Glassfish , и это то, что вы, вероятно, называете Java EE SDK.
Фактически, другие разработчики могут следовать спецификациям и предоставлять свои собственные реализации сервера.И именно поэтому у нас есть другие серверы, такие как: JBoss , JoNas , Apache Geronimo , IBM Websphere и OracleWeblogic , среди многих других.
Теперь вернемся к проблеме Apache.Вы можете использовать веб-сервер Apache с включенным mod_jk и пересылать запросы на сервер Tomcat.
Теперь Tomcat не реализует полный набор спецификаций для Java EE.Насколько мне известно, Tomcat является эталонной реализацией для JSP и сервлетов.