Почему вы хотите использовать msys? Официально это не поддерживается.
На самом деле, начиная с NDK r7, вам не нужно ни Cygwin, ни Msys для компиляции под Windows. NDK r7 содержит bat-файл ndk-build.cmd, который можно запустить из командной строки cmd.exe. Единственная проблема заключается в том, что вам не разрешено иметь каталог в вашей переменной PATH с пробелом. До этого исправлена палка к Cygwin. Когда это будет исправлено (я полагаю, в NDK r8), вы сможете скомпилировать в обычной командной строке Windows.