Вы можете запустить jython и использовать механизм песочницы из JVM. Песочница в JVM очень сильная, очень понятная и более или менее хорошо документированная. Потребуется некоторое время, чтобы точно определить, что вы хотите разрешить, а что нет, но вы должны быть в состоянии получить очень надежную защиту от этого ...
С другой стороны, jython не на 100% совместим с cPython ...