Я бы искал забавный бизнес в обработчиках ошибок / сигналов и / или PROMPT_COMMAND
Итак,
echo $PS1
echo $PROMPT_COMMAND
trap
было бы в порядке.
Другой подходограничить запуск bash (что отключает целый ряд параметров)
#!/bin/bash -r
Хотя последний может разрешить странное поведение, это не объяснит waht произошло