GWT - это просто набор файлов javascript и HTML, поэтому наиболее простой способ интеграции - просто поместить их в папку в том же месте, где находятся ваши веб-страницы.
Один шаг вперед - интеграция компилятора gwt с вашим процессом сборки. Если вы используете Netbeans, есть хороший плагин под названием GWT4NB, который будет обрабатывать весь этот процесс для вас, так что когда вы создаете WAR своего проекта, он будет также создавать его части GWT. Вероятно, было бы что-то подобное для Eclipse. Вы также можете сделать все это вручную, используя maven или ant.
Вы должны указать компилятору, куда вы хотите поместить сгенерированные файлы, что опять-таки будет в том же месте, где вы разместили свои веб-страницы для своего проекта WAR. Сторона RPC по-прежнему будет работать нормально, независимо от того, куда вы положили файлы.