Это потому, что по умолчанию файл manage.py в django находится в корне проекта, и по умолчанию функция startapp (которая не создается парнями из lincolnloop) помещает приложения в текущую папку (где находится manage.py).).это из официальных документов:
startapp [destination] django-admin.py startapp Создает структуру каталогов приложения Django для данного имени приложения в текущем каталоге или в указанном месте назначения.
youможет явно указать, где разместить приложение с параметром адресата.