Я думаю, что это как-то связано с тем, как iOS работает с видеоклипом, поэтому я не уверен, что вы можете сделать с этим что-нибудь напрямую.
Почему бы вам не уменьшить размер div, содержащего flash player (id player) на iphone?
Фактически, на iphone ваше флеш-видео не отображается на месте, в любом случае происходит изменение вида, поэтому нет необходимости иметь его в полноэкранном режиме. Конечно, вы должны уменьшать размер флеш-плеера только для iOS, а не для других браузеров, где вполне нормально, что он полноэкранный ...