Вы не сказали, на каком языке (ах) вы работали.
Наше SmartDifferencer семейство инструментов может помочь. Эти инструменты сравнивают синтаксис языка программирования для определения различий в терминах, объясняемых действиями программиста (копирование, перемещение, переименование идентификатора в блоке), а не действиями по редактированию строки.
Если правки в ваших файлах на самом деле представляют собой просто движения целых программных конструкций, SmartDifferencer, скорее всего, скажет вам именно это.